Batman Ninja Đối Đầu Liên Minh Yakuza kể về gia đình Batman trở về hiện tại và phát hiện Nhật Bản đã biến mất, thay vào đó là một hòn đảo khổng lồ tên Hinomoto lơ lửng trên bầu trời Gotham. Trên đỉnh quyền lực là Yakuza – một nhóm siêu nhân cai trị tàn bạo và trông rất giống Justice League. Giờ đây, Batman và đồng đội phải chiến đấu để cứu Gotham!