Cậu Bé Peter Pan kể về câu chuyện thần tiên của Peter Pan, lần này ở London, nơi đang vây hãm trong Thế chiến II. Thuyền trưởng Hook tái xuất giang hồ, bắt sống Jane, con gái của Wendy và Peter Pan phải lên đường giải cứu. Trong thành phố, giữa vòng vây của quân phát xít, Wendy, giờ đã trưởng thành, cố gắng nuôi hy vọng cho những đứa con bằng cách kể lại những cuộc gặp gỡ thần kỳ của cô ở xứ sở Never Land với Peter Pan.Tuy nhiên, Jane, cô con gái 12 tuổi của Wendy, cho rằng đó là chuyện bịa và luôn tỏ ra không tin. Cho đến một hôm, Thuyền trưởng Hook tưởng lầm Jane là Wendy và bắt cóc cô bé, đem về xứ sở Never Land để giương bẫy bắt Peter Pan. Nhiệm vụ lần này của Peter Pan là đưa cô bé Jane trở về nhà an toàn. Và nó chỉ có thể .