Đại Chiến Người Khổng Lồ 3 kể về Eren và những người bạn đồng hành của mình trong đội 104 được phân công vào Biệt đội Levi mới thành lập, có nhiệm vụ bảo vệ Eren và Historia an toàn với sức mạnh mới được khám phá của Eren cùng kiến thức và gia phả của Historia. Levi và Erwin có lý do chính đáng để lo lắng, bởi vì vị linh mục của Giáo hội mà Hange đã giấu đi đã bị phát hiện bị tra tấn đến chết, chứng tỏ rõ ràng rằng Cảnh sát quân sự có liên quan đến vụ che đậy này. Mọi chuyện trở nên đau lòng hơn khi các MP có động thái với Erwin và Biệt đội Levi đã tránh được việc bị bắt trong gang tấc. Eren cũng đang gặp vấn đề với quá trình biến đổi Titan của mình, và một sát thủ nguy hiểm đã được thuê để bảo vệ Eren và Historia, một người mà Levi biết quá rõ từ khi còn trẻ. Sau đó, với hy vọng chiếm lại Tường Maria và tìm ra câu trả lời mà nhân loại đang tìm kiếm trong tầng hầm của Grisha, Eren, Mikasa, Armin và những người còn lại trong Quân đoàn Khảo sát quay trở lại thị trấn nơi mọi thứ bắt đầu: Shiganshina.