Grisaia: Phantom Trigger kể về sau những sự cố liên quan đến Heath Oslo, sự tồn tại của tổ chức chống khủng bố Nhật Mỹ, được gọi là CIRS, giờ đây đã trở thành kiến thức công khai. CIRS đã được xây dựng lại từ đầu và các chức năng ẩn hơn của nó đã được chuyển giao cho một cơ quan mới: SORD (Social Ops Research Development). Mục đích chính của SORD là đào tạo một thế hệ điệp viên mới để bảo vệ đất nước khỏi các mối đe dọa trong tương lai. Để đạt được mục đích của mình, tổ chức đã xây dựng nhiều trường học trong nước. Học viện Mihama, bị bỏ hoang sau khi đột ngột đóng cửa, đã trở thành một trường đào tạo chuyên biệt. Vì vậy, Học viện Mihama mới này là nơi sinh sống của các nhóm học sinh khác nhau, những người làm việc chăm chỉ mỗi ngày để nâng cao kỹ năng của mình. Những học sinh này đã tự đặt sự an toàn của mình vào vòng nguy hiểm bằng cách đắm mình vào nhiều nhiệm vụ ngoài vòng pháp luật khác nhau, tất cả đều vì lợi ích của đất nước.